Με την ευρεία εφαρμογή των φθοριοκινολονών, η βακτηριακή αντίσταση και οι ανεπιθύμητες αντιδράσεις έχουν επίσης εμφανιστεί η μία μετά την άλλη.Οι φθοριοκινολόνες που κυκλοφορούσαν πρόσφατα, όπως η τεμαφλοξασίνη, διακόπηκαν μόνο 15 εβδομάδες μετά την κυκλοφορία τους στο Ηνωμένο Βασίλειο το 1992 λόγω ανεπιθύμητων ενεργειών όπως αλλεργία, αιμορραγία και νεφρική ανεπάρκεια.Επομένως, δεν είναι ότι όσο υψηλότερη είναι η λιποδιαλυτότητα και όσο μεγαλύτερος ο χρόνος ημιζωής, τόσο το καλύτερο, και τα φαρμακοκινητικά και κλινικά πλεονεκτήματα και μειονεκτήματα θα πρέπει να εξετάζονται διεξοδικά.