Стрептомициннің жалпы жанама әсері ототоксикалық болып табылады, өйткені стрептомицин құлақта жиналып, вестибулярлық және кохлеарлық нервтерді зақымдайды.Стрептомицин есту қабілетінің тұрақты жоғалуына әкелуі мүмкін.Стрептомицин бүйректе жиналып, бүйректі зақымдайды, айқын нефротоксичность.Кейбір емделушілерде стрептомицинге аллергиялық реакциялар болуы мүмкін.