Með útbreiddri notkun flúorókínólóna hafa bakteríuþol og aukaverkanir einnig komið fram hver á eftir annarri.Nýlega markaðssett flúorókínólón eins og temafloxacin var hætt aðeins 15 vikum eftir að þau voru sett á markað í Bretlandi árið 1992 vegna aukaverkana eins og ofnæmis, blæðinga og nýrnabilunar.Þess vegna er það ekki þannig að því hærra sem fituleysni er og því lengri helmingunartími, því betra, og ítarlega ætti að íhuga lyfjahvörf og klíníska kosti og galla.