Với việc sử dụng rộng rãi fluoroquinolones, sự kháng thuốc của vi khuẩn và các phản ứng bất lợi cũng lần lượt xảy ra.Các fluoroquinolone mới được bán trên thị trường như temafloxacin đã bị ngừng sử dụng chỉ 15 tuần sau khi chúng được tung ra thị trường ở Anh vào năm 1992 do các phản ứng bất lợi như dị ứng, xuất huyết và suy thận.Do đó, không phải độ hòa tan trong chất béo càng cao và thời gian bán hủy càng dài thì càng tốt, mà cần xem xét toàn diện các ưu và nhược điểm về dược động học cũng như lâm sàng.