S rozšířenou aplikací fluorochinolonů se jedna po druhé objevila také bakteriální rezistence a nežádoucí reakce.Nově uváděné fluorochinolony, jako je temafloxacin, byly přerušeny pouze 15 týdnů poté, co byly uvedeny na trh ve Spojeném království v roce 1992 kvůli nežádoucím reakcím, jako je alergie, krvácení a selhání ledvin.Neplatí tedy, že čím vyšší je rozpustnost v tucích a čím delší je poločas, tím lépe, a farmakokinetiku a klinické výhody a nevýhody je třeba posuzovat komplexně.