Fluorokinolonien laajan käytön myötä myös bakteerien vastustuskykyä ja haittavaikutuksia on esiintynyt peräkkäin.Äskettäin markkinoidut fluorokinolonit, kuten temafloksasiini, lopetettiin vain 15 viikkoa sen jälkeen, kun ne lanseerattiin Yhdistyneessä kuningaskunnassa vuonna 1992 haittavaikutusten, kuten allergian, verenvuodon ja munuaisten vajaatoiminnan vuoksi.Siksi ei ole niin, että mitä korkeampi rasvaliukoisuus ja pidempi puoliintumisaika, sitä parempi, ja farmakokinetiikkaa ja kliinisiä etuja ja haittoja tulisi tarkastella kokonaisvaltaisesti.