با کاربرد گسترده فلوروکینولون ها، مقاومت باکتریایی و واکنش های نامطلوب نیز یکی پس از دیگری رخ داده است.فلوروکینولون های تازه وارد بازار شده مانند تمافلوکساسین تنها 15 هفته پس از عرضه در بریتانیا در سال 1992 به دلیل واکنش های نامطلوب مانند آلرژی، خونریزی و نارسایی کلیوی متوقف شدند.بنابراین، اینطور نیست که هر چه حلالیت چربی بیشتر و نیمه عمر بیشتر باشد، بهتر است و فارماکوکینتیک و مزایا و معایب بالینی را باید به طور جامع در نظر گرفت.