Uz široku primjenu fluorokinolona, rezistencija bakterija i neželjene reakcije također su se javljale jedna za drugom.Novi fluorokinoloni kao što je temafloksacin su obustavljeni samo 15 sedmica nakon što su pušteni na tržište u Velikoj Britaniji 1992. godine zbog neželjenih reakcija kao što su alergija, krvarenje i zatajenje bubrega.Dakle, nije da što je veća rastvorljivost masti i duži poluživot, to bolje, a farmakokinetiku i kliničke prednosti i nedostatke treba sveobuhvatno razmotriti.