Amb l'aplicació generalitzada de fluoroquinolones, la resistència bacteriana i les reaccions adverses també s'han produït una darrere l'altra.Les fluoroquinolones recentment comercialitzades, com ara la temafloxacina, es van suspendre només 15 setmanes després de ser llançades al Regne Unit el 1992 a causa de reaccions adverses com ara al·lèrgia, hemorràgia i insuficiència renal.Per tant, no és que com més gran sigui la solubilitat en greixos i com més llarga sigui la semivida, millor, i la farmacocinètica i els avantatges i desavantatges clínics s'han de considerar de manera exhaustiva.