A fluorokinolonok széles körű elterjedésével egymás után jelentkeztek a bakteriális rezisztencia és a mellékhatások is.Az újonnan forgalomba hozott fluorokinolonokat, például a temafloxacint csak 15 héttel azután, hogy az Egyesült Királyságban 1992-ben piacra dobták, olyan mellékhatások miatt hagyták abba, mint az allergia, a vérzés és a veseelégtelenség.Ezért nem arról van szó, hogy minél nagyobb a zsíroldékonyság és minél hosszabb a felezési idő, annál jobb, és a farmakokinetikát, valamint a klinikai előnyöket és hátrányokat átfogóan kell mérlegelni.