ფტორქინოლონების ფართო გამოყენებისას, ბაქტერიების წინააღმდეგობა და გვერდითი რეაქციები ასევე წარმოიქმნება ერთმანეთის მიყოლებით.ახლად გაყიდული ფტორქინოლონები, როგორიცაა ტემაფლოქსაცინი, შეწყდა 1992 წელს გაერთიანებულ სამეფოში გამოშვებიდან მხოლოდ 15 კვირის შემდეგ, ისეთი გვერდითი რეაქციების გამო, როგორიცაა ალერგია, სისხლდენა და თირკმლის უკმარისობა.ამიტომ, რაც უფრო მაღალია ცხიმის ხსნადობა და რაც უფრო გრძელია ნახევარგამოყოფის პერიოდი, მით უკეთესი, და ფარმაკოკინეტიკა და კლინიკური უპირატესობები და უარყოფითი მხარეები სრულყოფილად უნდა იყოს გათვალისწინებული.