S rozšírenou aplikáciou fluorochinolónov sa jedna po druhej vyskytla aj bakteriálna rezistencia a nežiaduce reakcie.Novo predávané fluorochinolóny, ako je temafloxacín, boli prerušené iba 15 týždňov po ich uvedení na trh v Spojenom kráľovstve v roku 1992 kvôli nežiaducim reakciám, ako je alergia, krvácanie a zlyhanie obličiek.Preto neplatí, že čím vyššia je rozpustnosť v tukoch a čím dlhší polčas, tým lepšie, a farmakokinetiku a klinické výhody a nevýhody treba posudzovať komplexne.