Met de wijdverbreide toepassing van fluorochinolonen zijn ook bacteriële resistentie en bijwerkingen na elkaar opgetreden.Nieuw op de markt gebrachte fluorchinolonen zoals temafloxacine werden slechts 15 weken na de lancering in het VK in 1992 stopgezet vanwege bijwerkingen zoals allergie, bloeding en nierfalen.Daarom is het niet zo dat hoe hoger de vetoplosbaarheid en hoe langer de halfwaardetijd, hoe beter, en de farmacokinetische en klinische voor- en nadelen moeten alomvattend worden overwogen.