S široko uporabo fluorokinolonov so se ena za drugo pojavile tudi odpornost bakterij in neželeni učinki.Novo trženi fluorokinoloni, kot je temafloksacin, so bili ukinjeni le 15 tednov po tem, ko so bili lansirani v Združenem kraljestvu leta 1992, zaradi neželenih učinkov, kot so alergija, krvavitev in odpoved ledvic.Zato ne gre za to, da večja kot je topnost v maščobi in daljša kot je razpolovna doba, tem bolje, farmakokinetiko ter klinične prednosti in slabosti pa je treba obravnavati celovito.