Plačiai pritaikius fluorokvinolonus, vienas po kito atsirado ir bakterijų atsparumas bei nepageidaujamos reakcijos.Naujai parduodami fluorokvinolonai, tokie kaip temafloksacinas, buvo nutraukti tik praėjus 15 savaičių po to, kai jie buvo pradėti gaminti JK 1992 m., dėl nepageidaujamų reakcijų, tokių kaip alergija, kraujavimas ir inkstų nepakankamumas.Todėl nėra taip, kad kuo didesnis tirpumas riebaluose ir ilgesnis pusinės eliminacijos laikas, tuo geriau, o farmakokinetika ir klinikiniai pranašumai bei trūkumai turėtų būti vertinami visapusiškai.