Fluorokinoloonide laialdase kasutamisega on üksteise järel tekkinud ka bakterite resistentsus ja kõrvaltoimed.Äsja turustatud fluorokinoloonide, nagu temafloksatsiini kasutamine lõpetati vaid 15 nädalat pärast nende Ühendkuningriigis turule toomist 1992. aastal selliste kõrvaltoimete tõttu nagu allergia, hemorraagia ja neerupuudulikkus.Seetõttu ei ole asi selles, et mida kõrgem on rasvlahustuvus ja pikem poolväärtusaeg, seda parem, ning farmakokineetikat ning kliinilisi eeliseid ja puudusi tuleks põhjalikult käsitleda.