Florokinolonların yaygınlaşmasıyla birlikte bakteriyel direnç ve yan etkiler de birbiri ardına ortaya çıkmıştır.Temafloksasin gibi yeni pazarlanan florokinolonlar, alerji, kanama ve böbrek yetmezliği gibi yan etkiler nedeniyle 1992'de Birleşik Krallık'ta piyasaya sürüldükten sadece 15 hafta sonra kesildi.Bu nedenle, yağ çözünürlüğü ne kadar yüksek ve yarı ömür ne kadar uzunsa o kadar iyi değildir ve farmakokinetik ile klinik avantajlar ve dezavantajlar kapsamlı bir şekilde düşünülmelidir.