Із широким застосуванням фторхінолонів резистентність бактерій і побічні реакції також виникали одна за одною.Нещодавно випущені на ринок фторхінолони, такі як темафлоксацин, були припинені лише через 15 тижнів після їх запуску у Великобританії в 1992 році через побічні реакції, такі як алергія, кровотеча та ниркова недостатність.Таким чином, чим вище жиророзчинність і довший період напіврозпаду, тим краще, а фармакокінетика, клінічні переваги та недоліки слід розглядати комплексно.